SMP Negeri 98 Jakarta berdiri pada tahun 1968 dengan nama SMPN 41 Filial. Nama SMPN 41 Pilihan diberikan karena pada waktu pertama berdiri SMPN 98 Jakarta masih menginduk ke SMPN 41 Jakarta. Adapun yang menjadi Kepala Sekolah pada waktu itu adalah Bp. Adung Supriadi dengan Wakil Kepala Sekolah Bp. H. Ti-ich Sibi.

Nama-Nama Kepala SMPN 98 Jakarta:

No.      Tahun                                     Kepala Sekolah

  1. 2009 – ………..               Dra. Hj. Betty Aflinda, MM    
  2. 2004 – 2009                  Drs. H. Diponegoro Usul, M.Pd                                  
  3. 2000 – 2004                   Dra. H. Tjik Ayu Mursyid                                            
  4. 1998 – 2000                   H. Surban Batubara                           
  5. 1995 – 1998                   H. Ti-ich Sibi               
  6. 1993 – 1995                   Drs. Zainudin Lingga                          
  7. 1989 – 1993                   H. Abu Thalib SH
  8. 1985 – 1989                   H. Ti-ich Sibi
  9. 1981 – 1985                   H. Abdul Syukur
  10. 1977 – 1981                   H. Adung Supriadi
  11. 1968 – 1977                   H. Adung Supriadi (SMPN 41 Filial)

Adapun dari SMPN 98 ada beberapa guru yang pernah mengajar, meningkat jenjang karirnya menjadi Kepala Sekolah, diantaranya adalah :           

1.      M. Harahap, BA

2.      H. Ti-ich Sibi

3.      Ibu Nainggolan

4.      Ibu Yanidar Ismet

5.      Drs. H. Suprapto, MM

6.      J. Suwarno

7.      Drs. Suripto

8.      Ibu Martinah, BA

9.      M. Husin, BA

10.  Drs. H. Ponidi H. W, MM

Gedung SMPN 98 Jakarta terdiri dari 3 lantai. Lantai 1 diperuntukkan untuk Ruang Guru, Ruang Kepala Sekolah, Ruang Tata Usaha, Lab IPA, Ruang Audiovisual, Ruang Ekskul, Perpustakaan, Ruang BP, sedangkan Lantai 2 dan 3 diperuntukkan untuk Ruang Kelas dan kegiatan belajar mengajar. Sampai saat ini jumlah siswa SMP Negeri 98 Jakarta kurang lebih sebanyak 720 orang, dengan 18 kelas, Kelas VII berjumlah 6 kelas, Kelas VIII berjumlah 6 kelas dan Kelas IX berjumlah 6 kelas. Adapun jumlah siswa per kelas berjumlah maksimal 40 siswa.